سلفی ها و یا وهابیون از سالهای ۱۹۸۰ در جمهوری آذربایجان (در آن سال ها ج. آذربایجان در ترکیب شوروی قرار داشت) فعالیت خود را شروع کرده اند.

در آن سال ها دانشجویان عرب در آکادمی نفت مشغول تحصیل بودند و یکی از رهبران آنها بنام سلیم زخارنا قضاوی بود.

در سال ۱۹۹۳ آنها موفق به تشکیل دوره های دین در خوابگاه ها و چاپ بروشور و کتابهای مختلف به زبان روسی شده بودند.

اولین سازماندهی سلفی ها در سال ۱۹۹۳ با فعالیت انجمن بیداری میراث اسلام کویت آغاز شده است. (جامعه احیا التراث اسلامیه)  این انجمن با حمایت پولداران و مامورین سلفی کویت تاسیس شده بود. والد الطباطبایی نماینده مجلس کویت در مراسم افتتاحیه این انجمن شرکت کرده و گفته می شود در اوایل سال ۲۰۰۰ میلادی ۶۲ مسجد زیر فعالیت آنها بوده است.

بعد از حوادث تروریستی ۱۱ سپتامبر در آمریکا، این سازمان فعالیت خود را در آذربایجان متوقف کرده و شیخ سلیم از کشور اخراج  و در سال ۲۰۰۸ نیز این سازمان توسط آمریکا در لیست سازمانهای تروریستی  قرار گرفت.

کسانیکه برای تحصیل به کشورهای حوزه خلیج فارس منجمله دانشگاه اسلام مدینه می رفتند، در بازگشت مشغول فعالیت در آن زمینه می شدند که یکی از معروف ترین آنها قامت سلیمان اف امام مسجد ابوبکر بود که علی خان موسی اف، عادل رجب اف، رامیل سلیمان اف، عبدالرحیم مرادلی و دیگران نیز با وی تحصیل و فعالیت می کردند. گفته می شود تعداد دانشجویان مدینه ۸۶ نفر بوده است.

مسجد ابوبکر که محل عبادت بیش از ۱۰ هزار  وهابی بود در سال ۲۰۰۸ بسته شد. وهابیون آذربایجان بیشتر کمیته فتوی عربستان و شورای بزرگ علمای عربستان را قبول دارند و از شیخ البانی، عبدالعزیز بن باز و صالح اسیمین طرفداری می کنند.

با شروع جنگ چچن، سلفی های جهادی نیز پیدا شدند. وهابی های جمهوری آذربایجان  بعدها به دو گروه (طرفداران قامت سلیمان اف و علی خان موسی اف) تقسیم شدند. رافیق علی اف هم بدلایل انتفاع شخصی و همچنین به دلیل اینکه با شیخ الاسلام الله شکور پاشازاده رییس اداره مسلمانان قفقاز رابطه خوبی نداشت، از موسی اف حمایت می کرد. موسی اف برادرزاده علی اصغر موسی اف می باشد که وی با سازمانهای عربی منجمله گروه سلیم زاخارنا همکاری می کرد ولی بعدها روابط خود را با عربها قطع کرده و خود را پیامبر اعلام کرد و مدتی نیز بازداشت شد. علی خان موسی اف خویشاوندی نزدیکی با مبارز قارایف امام جماعت مسجد لزگی دارد که این مسجد بعد ها به اتهام ارسال مجاهد به سوریه بسته شد.

علی خان در درازبکستان تحصیل کرده و گفته می شود از عضای حزب التحریر بود. بعد ها از دانشگاه مدینه فارغ التحصیل شده است.

گروهی از وهابیون نیز طرفدار عادل رجب اف می باشند که وی نیز جنگ در سوریه را جهاد نامیده است.

سلفی ها در مناطق مختلف ج. آذربایجان از جمله باکو، سومقایت، قوبوستان، جئیرانباتان، مشفق آباد در حومه باکو و مناطق زاقاتالا، بالاکن، قوبا، قوسار، خاچماز، برده، یئولاخ و آغجابدی پراکنده شده اند.

وهابیون بعد از بسته شدن مسجد ابوبکر در مساجدی که ترکیه ساخته است جمع می شوند. نفوذ وهابیون در مساجد الهیات، قاراچوخور، مشفق آباد و جئیرانباتان رفته رفته بیشتر می شود.

قوبوستان نیز یکی از مکان های تبلیغ سلفی هاست و عزیر سیمیراف در مسجد این قصبه مدرسه ای تاسیس کرده بود که سال ۲۰۱۶ کلا مسجد تعطیل شد. مسجد لزگی باکو به اتهام فرستادن افراد به جنگ سوریه بسته شده است.

در سال ۲۰۱۴ میلادی به اتهام کشف اسلحه از سوی پلیس، مسجد جورات واقع در حومه باکو تعظیل  شد. بدین ترتیب وهابیون به مساجد اهل سنت روی آوردند و حتی گفته می شود در نمازهای صبح مسجد حیدر، اکثر نمازگزاران را وهابیون تشکیل می دادند و این سبب تعطیلی نماز صبح مسجد حیدر شد. در شهر گنجه نیز محل عبادت آنها مسجد "قازاخ لار" می باشد.

در آمارهای غیر رسمی تعداد وهابیون جمهوری آذربایجان ۷۰ هزار نفر اعلام شده است که در این رابطه کمیته دینی این کشور از کاهش تعداد آنها خبر داده است.

در کل می توان وهابیون جمهوری آذربایجان را به گروههای زیر تقسیم کرد:

طرفدارن عادل رجب اف

طرفداران قامت سلمیان اف

طرفداران علی خان موسی اف

گروههای خوارج تکفیری و جهادی

انجمن دانشجویان دانشگاه مدینه